Su amistad con Francisco I: Madero lo lleva a incursionar en la política electoral.
Cae Madero, llega Victoriano Huerta y José Vasconcelos debe de dejar el país.
Se convierte en aliado de Venustiano Carranza.
Luego las diferencias con el propio Carranza, lo alejan una vez mas de México.
Después se alía con Álvaro Obregón.
Siendo presidente interino Adolfo de la Huerta le encargó el Departamento Universitario y de Bellas Artes, cargo que incluía la rectoría de la Universidad Nacional de México.
Su espíritu, queda reflejado en la propuesta al Consejo Universitario, en abril de 1921, del escudo que la actual UNAM ostenta hasta la fecha. «Por mi raza hablará el espíritu».
En 1929 lanzó su candidatura hacia la presidencia de la república ante el candidato Pascual Ortíz Rubio.
En esa campaña José Vasconcelos acudió al Estado de Hidalgo y en Pachuca emitió un breve discurso.
16 de junio de 1929
“Aquí están los trabajadores de Pachuca, pero los trabajadores dueños de si mismos, no los pobres hermanos nuestros que vinieron aquí hace tres semanas, engañados y obligados, por la condición de su miseria a simular adhesión a sus explotadores.
El pueblo trabajador que ahora se congrega, viene de las minas donde parece que el metal contagia de su firmeza a los hombres, y por eso nunca se ha podido jugar ni con los mineros de Pachuca, Zacatecas y del Oro…
Porque no se puede jamás con los hombres que en una mano tienen los instrumentos de trabajo y en la otra la bandera de las libertades. Trabajadores, pero no esclavos esos son los que están aquí, y están aquí a millares.
Pero en verdad, la impresión que nos causa esta demostración popular, no es precisamente la de catástrofes futuras, sino al contrario; parece que con reunirnos aquí estamos evitando las catástrofes. Porque la única manera de evitar nuevas revoluciones, es que se imponga la voluntad popular que exige la efectividad del sufragio. Estamos pues comprobando que el pueblo mexicano sabe ir al cumplimiento de sus grandes deberes cada vez que la oportunidad obliga.
Los resultados oficiales de la elección arrojan un 93 por ciento de los votos para Pascual Ortiz Rubio y el resto para Vasconcelos y otros. El mensaje que Calles y su grupo enviaban a Vasconcelos: no se respetarían elecciones democráticas, sino la sucesión presidencial previamente acordada por el jefe de Estado, lo que se convirtió en modelo político mexicano tocante al tema de la sucesión presidencial a lo largo del siglo XX.
